Pandemia COVID-19 që ka prekur gjithë botën pati një ndikim negativ edhe në transportin ajror, ku gjatë muajit mars u shënua ulje e madhe si në transportin e mallrave ashtu edhe të pasagjerëve. Volumi i mallrave të transportuara përmes ajrit në muajin mars të këtij viti llogaritet 155.6 tonë mallra. Sipas të dhënave të publikuara nga Instituti i Statistikave (INSTAT) volumi i malrlav të transportuara përmes ajrit rezulton 22.3% më i ulët marsine këtij viti krahasuar me marsin e vitit 2019.
Në tremujorin e parë të 2020, me ajër janë transportuar 511.5 tonë mallra duke u ulur 9.5 %, krahasuar me tremujorin e parë të 2019. Edhe numri i fluturimeve të kryera në mars 2020 shënoi një rënie me 50.3 %, ndaj mars 2019. Gjithsej në marsin e këtij viti u regjistruan 922 fluturime. Numri i pasagjerëve që udhëtuan me linjë ajrore në mars 2020 është 71 106 pasagjerë. Krahasuar me marsin e 2019-s, ky tregues është ulur 64.1%. Referuar statistikave, transporti ajror i pasagjerëve gjatë marsit zë 82.4 % të transportit gjithsej. Numri i pasagjerëve që kanë udhëtuar me linja ajrore, në tremujorin e parë të 2020 është 515 506 pasagjerë duke u ulur me 15.5%, krahasuar me tremujorin e parë të 2019-s.
Prej datës 23 mars Aeroporti “Nënë Tereza” ndërprieu të gjitha fluturimeve në përpjekje për të parandaluar përhapjen e infeksionit COVID-19. Aeroporti mbetet i hapur për të gjitha fluturimet humanitare, fluturimet e riatdhesimit, fluturimet e ngarkesës së mallrave dhe çdo fluturim tjetër që i shërben lehtësimit dhe kapërcimit të kësaj sfide të madhe.