Në pjesën më të fortifikuar të Kalasë Rozafa, ndodhet Muzeu i Kështjellës, i cili është kthyer në destinacionin e turistëve vendas e të huaj.
Ky muze ngrihet në një ndërtesë mesjetare të shek- XV të njohur me emrin “Kapitaneria”. Kjo ndërtesë ka qenë rezidenca e guvernatorit venecian të Shkodrës. Në periudhën osmane e njëjta ndërtesë përmendet me emrin “haremlleku”, banesa e grave të qeveritarit osman të Shkodrës. Ndërtesa është me tre kate, e mbuluar me hark masiv.
Trashësia e mureve shkon deri në 2.5 m, me dritare të vogla që kanë shërbyer si frëngji luftimi. Në periudhën 1985-1990 ndërtesa është restauruar në pjesët e brendshme prej druri dhe është kthyer në muze duke u pajisur kryesisht me objekte të gjetura në gërmime arkeologjike në kala dhe rrëzë saj.
Në muze gjen të ekspozuar objekte që i përkasin antikitetit dhe mesjetës, si dhe mozaikun romak të shek- IV pas Krishtit zbuluar në vitet ’78-79 në pjesën e poshtme të qytetit.
Sot, muzeu, ka të pasqyruar objekte të periudhës nga pushtimi osman 1479-1914, si dhe maketin e kalasë ku paraqet kalanë e territorin përreth saj në shek- XVIII, kur Shkodra ishte qendër e pashallëkut të Bushatllinjve.
Sot, ky muze së bashku me kalanë e vjetër janë kthyer në destinacione turistike ku shumë vizitore vendas e të huaj shuajnë kureshtjen e tyre mbi legjendën e flijimit që fshihet nën themelet e kalasë.
